Quel rôle le microbiote intestinal joue-t-il au sein de l’organisme ?

Notre corps abrite des milliards de micro-organismes vivants – bactéries, virus, champignons, parasites et autres formes de vie – collectivement dénommées microbiome. Divers organes ont des habitants microbiens distincts, mais le groupe qui a attiré le plus d’attention dans la recherche biomédicale est celui du microbiote de l’intestin ou microbiote intestinal.

Les progrès scientifiques ont permis aux chercheurs de déterminer de plus en plus finement le rapport des interactions hôte-microbiote et de mieux comprendre le rôle que jouent les microbes intestinaux sur la santé d’un individu.

Un microbiote unique pour chacun

Chaque personne possède un ensemble de génomes microbiens entièrement unique qui est à l’origine déterminé par son ADN. Le nourrisson est au départ exposé aux micro-organismes lors de l’accouchement, dans le canal de naissance et par le lait maternel. Les micro-organismes auxquels le nourrisson est exposé dépendent uniquement des espèces trouvées chez la mère. Par la suite, les expositions environnementales et le régime alimentaire peuvent modifier le microbiome d’une personne pour qu’il soit bénéfique pour la santé ou l’exposer à un risque accru de maladie.

Le microbiote se compose de microbes qui sont à la fois utiles et potentiellement nocifs. La plupart sont symbiotiques (lorsque le corps humain et le microbiote en bénéficient) et certains, en plus petit nombre, sont pathogènes (ils favorisent le développement de maladies). Dans un corps sain, microbiote pathogène et symbiotique coexistent sans problème. Mais s’il y a une perturbation de cet équilibre – provoquée par des maladies infectieuses, certains régimes ou l’utilisation prolongée d’antibiotiques ou d’autres médicaments destructeurs de bactéries – une dysbiose se produit, arrêtant ces interactions normales.

En conséquence, le corps peut devenir plus sensible aux maladies.

Les effets bénéfiques du microbiote intestinal

Le microbiote stimule le système immunitaire, décompose les composés alimentaires potentiellement toxiques et synthétise certaines vitamines et acides aminés, y compris les vitamines B et la vitamine K. Par exemple, les enzymes clés nécessaires à la formation de la vitamine B12 ne se trouvent que dans les bactéries, pas chez les plantes et les animaux.

Les sucres comme le sucre de table et le lactose (sucre du lait) sont rapidement absorbés dans la partie supérieure de l’intestin grêle, mais les glucides plus complexes comme les amidons et les fibres ne sont pas aussi facilement digérés et peuvent se déplacer plus bas dans le gros intestin.

Là, le microbiote favorise la décomposition grâce aux enzymes digestives. La fermentation des fibres non digestibles entraîne la production d’acides gras à chaîne courte (SCFA) qui peuvent être utilisés par l’organisme comme source de nutriments mais jouent également un rôle important dans la fonction musculaire et éventuellement la prévention de maladies chroniques, dont certains cancers et troubles intestinaux.

Le microbiote d’une personne en bonne santé fournira également une protection contre les organismes pathogènes qui pénètrent dans le corps, par exemple en buvant ou en mangeant de l’eau ou des aliments contaminés.

Comment entretenir le microbiote intestinal, garant de l’équilibre du corps ?

Le rôle des probiotiques

Si le microbiote est si vital pour notre santé, comment pouvons-nous nous assurer que nous en avons suffisamment ou les bons types ?

Il s’agit soit d’aliments contenant naturellement du microbiote, soit de suppléments contenant des bactéries actives vivantes, annoncées pour favoriser la santé digestive. Les ventes de suppléments probiotiques ont dépassé 35 milliards de dollars en 2015, avec une augmentation prévue à 65 milliards de dollars d’ici 2024.

Une alimentation riche en fibres

Une alimentation riche en fibres affecte en particulier le type et la quantité de microbiote dans les intestins.

Les fibres alimentaires ne peuvent être décomposées et fermentées que par des enzymes du microbiote vivant dans le côlon.

Les acides gras à chaîne courte (SCFA) sont libérés à la suite de la fermentation.

Cela abaisse le pH du côlon, qui à son tour détermine le type de microbiote présent qui survivrait dans cet environnement acide.

Le pH plus bas limite la croissance de certaines bactéries nocives comme Clostridium difficile.

La recherche croissante sur les SCFA explore leurs effets étendus sur la santé, notamment la stimulation de l’activité des cellules immunitaires et le maintien de taux sanguins normaux de glucose et de cholestérol.

En général, les fruits, les légumes, les haricots et les grains entiers comme le blé, l’avoine et l’orge sont tous de bonnes sources de fibres prébiotiques. Les personnes souffrant de sensibilités gastro-intestinales telles que le syndrome du côlon irritable doivent introduire ces aliments en petites quantités pour d’abord évaluer leur tolérance. Avec une utilisation continue, la tolérance peut s’améliorer avec moins d’effets secondaires.

Si l’on n’a pas de sensibilités alimentaires, il est important de mettre en place progressivement un régime riche en fibres car un régime pauvre en fibres peut non seulement réduire la quantité de microbiote bénéfique, mais aussi augmenter la croissance de bactéries pathogènes qui se développent dans un environnement moins acide.

Microbiome intestinal et dysfonctionnement

Des facteurs externes (tels que la consommation d’antibiotiques, la composante alimentaire, le stress psychologique et physique) et les facteurs de l’hôte peuvent induire une dysbiose du microbiome intestinal.

La dysbiose est susceptible d’altérer le fonctionnement normal du microbiote intestinal dans le maintien du bien-être de l’hôte et d’induire potentiellement un dénombrement sélectif de certains membres du microbiote, y compris les patho biontes, conduisant à une production dérégulée de produits ou de métabolites dérivés de microbes qui pourraient être nocifs pour l’hôte, provoquant diverses gamme de maladies sur des organes locaux, systémiques ou distants certaines des maladies notables, ainsi que leur traitement respectif basé sur le microbiote.

Maladie inflammatoire de l’intestin (MICI)

Un exemple de maladie associée au microbiome intestinal est la MICI.

Les MICI sont un groupe d’inflammations gastro-intestinales multifactorielles, idiopathiques, persistantes et récurrentes.

Deux formes courantes d’IBD sont la MC et la CU

Dans la MC, l’inflammation peut se produire n’importe où le long de l’ensemble du tractus gastro-intestinal, alors que la CU se limite uniquement au gros intestin.

Les deux formes sont associées à des diarrhées récurrentes, de la fièvre et des douleurs abdominales.

Bien que notre compréhension du mécanisme de la pathogenèse de cette maladie fasse encore défaut, l’interaction entre le microbiote intestinal et les facteurs de l’hôte montre un grand potentiel pour contribuer au développement de la maladie.

La réponse immunitaire inappropriée de l’hôte contre le microbiote gastro-intestinal chez un individu génétiquement prédisposé est supposée être le principal responsable de l’inflammation grave.

Une corrélation entre intestin et cerveau ?

On fait souvent référence à l’intestin par le terme second cerveau du fait que c’est l’organe où l’on retrouve le plus de neurones après le cerveau et la moelle épinière.

Ces neurones vont produire des neuromédiateurs tels que la sérotonine qui va impacter la régulation de nos émotions.

Des recherches récentes s’intéressent au déséquilibre du microbiote intestinal et son implication dans certaines maladies neurodégénératives comme Parkinson et Alzheimer, les troubles de l’humeur (stress, anxiété…), des maladies psychiques (dépression, autisme…) ou la COVID.

La recherche émergente sur le microbiome humain, son rôle dans le bien-être humain et la maladie est actuellement sous les feux de la rampe, avec des chercheurs de divers domaines de spécialité clinique essayant d’intégrer cette «pièce manquante potentielle du puzzle» dans les modèles de maladies existants.

Cela dit, notre compréhension du microbiome intestinal en est encore à un stade très préliminaire.